建设工程领域中，发包方常凭借合同优势，往往在签订施工总承包合同时要求约定“以政府审计结论作为最终结算依据”等类似内容，该类约定对承包人权利义务影响重大。那么，若审计结果存在不合理情形，承包人能否申请司法鉴定？结合典型案例，具体解析如下。
　　2011年，施工方二建公司与发包方新城公司签订施工合同，约定由二建公司承建案涉河道排洪工程，中标合同价（预算造价）4645.26万元，明确最终结算以三亚市财政局投资评审中心审核结果为准。工程竣工交付后，三亚市审计局出具审计报告，核定工程造价3206.09万元，仅为预算价的69%，远低于约定标准。
　　因工程款支付争议，二建公司将新城公司诉至法院，主张案涉审计报告不客观、不真实，申请对工程造价重新司法鉴定。经法院委托，鉴定机构出具意见，核定含税工程造价4699.64万元。一审、二审法院均采信该鉴定意见，支持二建公司诉求。新城公司不服，向最高人民法院申请再审，最终被驳回。
　　本案的核心争议是，合同约定结算以审计结果为准，若审计结论存在不真实、不客观情形，能否通过司法鉴定纠正？最高人民法院审理认为，当事人明确约定“竣工结算以审计部门评审结果为准”的，法院应尊重当事人意思自治，按约定处理，但仍有权对审计报告的合法性、合理性进行审查，不宜直接采信；若有充分证据证明审计意见存在明显不真实、不客观、不合理之处（如本案中审计结果远低于中标价，发包方未举证工程量减少，审计报告出具超出合理期限等），该审计意见不得作为工程价款结算依据。依据《2015年全国民事审判工作会议纪要》第49条，承包人提供证据证明审计意见存在缺陷的，法院可准许补充鉴定、重新质证等方式纠正；无法纠正的，应准许当事人申请工程造价鉴定。本案中，原审法院准许司法鉴定、采信鉴定意见，符合公平原则及案件实际，并非“以鉴代审”。
　　从本案及相关法律规定来看，当事人约定“竣工结算以审计为准”的，法院一般尊重该约定，但需对审计报告进行合法性、合理性审查，杜绝盲目采信；同时，约定中需明确“审计结论”特指政府审计部门的结论，与第三方审计区分，否则难以推定双方同意接受国家审计机关审计。若有证据证明政府审计结论不真实、不客观、不合理，承包人可通过诉讼请求法院委托司法鉴定，维护自身合法权益。
　　对于施工单位而言，与发包方签订总承包合同时，非必要不应约定“竣工结算以政府审计为准”；若确有约定，也不丧失提起诉讼的权利。若发现政府审计结论存在明显不合理情形，应及时收集相关证据（如工程量签证、施工记录等），通过诉讼申请司法鉴定，依法追偿欠付工程款。